Após a Igreja Católica ter sido formada e haver adquirido poder, os costumes dos Pagãos foram vistos como uma ameaça ao sistema religioso recentemente estabelecido e a adoração dos Deuses da religião Antiga, foi banida. Os antigos festivais foram superados pelos novos feriados religiosos da Igreja, e os antigos Deuses da Natureza e da Fertilidade, transformados em terríveis e maléficos demônios e diabos. A igreja patriarcal chegou até a transformar várias Deusas pagãs em diabos masculinos e maus, não somente para corromper deidades da Religião Antiga, como, também para apagar o fato de o aspecto feminino ter sido objeto de adoração.
No ano de 1233, o Papa Gregório IX, instituiu o Tribunal Católico Romano, conhecido como Santa Inquisição, numa tentativa de terminar com a heresia. Em 1320, a Igreja (a pedido do Papa João XXIII) declarou oficialmente que a Bruxaria, e a Antiga Religião dos Pagãos constituíam um movimento e uma "ameaça hostil" ao Cristianismo.
Os bruxos tornaram-se heréticos e a perseguição contra todos os Pagãos, espalhou-se como fogo selvagem por toda a Europa. É interessante notar que, antes de uma pessoa ser considerada herética, ela tem, primeiro, que ser cristã, e os Pagãos nunca foram cristãos. Eles sempre foram Pagãos. Os Bruxos (junto com um número incalculável de homens, mulheres e crianças inocentes, que não eram Bruxos), foram perseguidos e brutalmente torturados, por vezes violados sexualmente ou molestados, e, então, executados pelas autoridades da Igreja, que ensinavam que seu Deus era um Deus de amor e compaixão.
A Bruxaria na Inglaterra tornou-se uma ofensa ilegal no ano de 1541, e em 1604, foi adotada uma Lei que decretou a pena capital para os Bruxos e Pagãos. Quarenta anos mais tarde, as 13 colônias na América do Norte decretaram também a pena de morte para o "crime de bruxaria".
No final do século XVII, os seguidores que permaneciam leais à Religião Antiga, viviam escondidos, e a Bruxaria tornou-se uma Religião secreta após uma estimativa de um milhão de pessoas ter sido levadas à morte na Europa e mais de trinta condenados em Salem, Massachusetts, em nome do cristianismo. Embora os infames julgamentos das Bruxas de Salem, em 1692, sejam os mais conhecidos e bem documentados na história dos Estados Unidos da América, o primeiro enforcamento de um Bruxo na Nova Inglaterra realmente aconteceu em Connecticut, em 1647, 45 anos antes que a história contra a Bruxaria se abatesse na Vila de Salem. Ocorreram outras execuções pré-Salem, em Providence, Rhode Island, em 1622. Ométodo mais popular de extermínio dos Bruxos na Nova Inglaterra era a forca e na Europa, a fogueira.
Outros métodos incluíam a prensagem até a morte, o afogamento, a decapitação e o esquartejamento. Durante 260 anos, após a última execução de um Bruxo, os seguidores da Religião Antiga mantiveram suas práticas pagãs ocultas nas sombras do segredo e, somente após as Leis contra a Bruxaria terem sido finalmente revogadas na Inglaterra, foi que os Bruxos e Pagãos, em 1951, oficialmente saíram do anonimato.
